应用变性高效液相色谱技术进行高分辨的
单核苷酸多态作图
High-resolution SNA mapping by denaturing HPLC
PNAS _ August 6, 2002 _ vol. 99 _ no. 16 _ 10577
摘要： 随着完整基因组序列的获得，新的可靠进行位置克隆的方法成为可能。单核苷酸多态（ SNP）可以使突变的定位达到传统遗传学所不能达到的分辨率。本文介绍了应用变性高效液相色谱技术（DHPLC）不需确定具体SNP的性质就进行多态分析，从而进行SNP定位的方法。本文以果蝇的 nicastrin 位点为例进行突变定位，我们讨论了DHPLC方法的优越性，评价了紧密连锁的频率和潜在误导第二位点突变，以及应用DHPLC对候选基因的突变识别和染色体断裂位点的精细作图。而且我们发现重组位点并不是均匀分布在所研究的区域，而主要发生在一些热点位置。
应用高密 DNA阵列和变性高效液相色谱
克隆拟南芥 的 RSF1基因
Cloning of the Arabidopsis RSF1 Gene by Using a Mapping Strategy Based on High-Density DNA Arrays and Denaturing High-Performance Liquid Chromatography
The Plant Cell, Vol.12, 2485-2498,Decenber 2000
摘要： 染色体步移进行基因作图是一种广泛应用的技术，可以用来克隆任何诱变后可识别的基因。我们采用传统的遗传学和新发展的两种技术：高密度寡核苷酸 DNA阵列和变性高效液相色谱技术（DHPLC），分离了哥能比亚拟南芥中的 隐性突变 rsf1基因(降低远红光的敏感性)。 拟南芥 AT412基因分型阵列和32株F 2 植物被用于对rsf1基因突变进行作图，rsf1基因被定位于1号染色体顶端约500 kb的区域内。采用DHPLC，我们发现和确定了一些更加精细的标志，利用这些标志将该基因的位置缩小到约50 kb的区域内。通过比较rsf1基因突变的扩增产物和 哥能比亚拟南芥亲本株， DHPLC能直接确定突变基因。两个部分重叠的扩增产物产生的DHPLC多态峰是由该基因的第三个外显子缺失13bp引起，该基因共有5个外显子，编码一个含有基本螺旋-环-螺旋（bHLH）功能域的292个氨基酸的蛋白。 rsf1基因突变导致一个截短了的，只有前129 氨基酸的蛋白，缺少 bHLH功能域。 rsf1基因的克隆强烈暗示众多的光敏色素A介导的反应需要含 bHLH功能域的一类转录因子参与。
应用变性高效液相色谱技术对大麦 ( Hordeum vulgare L.)
单核苷酸多态作图
Application of denaturing high-performance liquid chromatography for mapping of single nucleotide polymorphisms in barley(hordeum vulgare L.)
Genome 44,523-528(2001)
摘要： DNA测序技术的进步和高通量筛查方法的建立为大规模DNA序列变异的分析提供了技术手段。本文主要研究单核苷酸多态（SNP）。为了建立一种系统分析大麦 ( Hordeum vulgare L.)的SNP的方法，我们 应用变性高效液相色谱技术（ DHPLC）分析双单倍体（HD）群体中SNP分离的色谱图。首先，采用直接测序方法对两亲本间的SNP进行检测，然后确定含有SNP位点的PCR扩增产物序列的熔链温度以供DHPLC分析，最后分析DH种系的样本中的等位基因。为了检验该分析方法的作用，我们将DHPLC分析结果与以前采用的RFLP标志分析的SNP的数据进行了比较。结果表明DHPLC可以非常有效的应用于高通量的SNP筛查。 |