单引物延伸和变性高效液相色谱进行单核苷酸多态基因分型
Genotyping single nucleotide polymorphisms by primer extension and high performance liquid chromatography
Hum Genet(1999) 104:89-93
摘要： 我们研究了应用单引物延伸和变性高效液相色谱（ DHPLC）技术进行单核苷酸多态（SNP）基因分型的可能性。针对我们研究组目前感兴趣的三个多态位点（proneurotensin 基因A/G多态，5HT2a受体基因A/G和T/C多态），采用这种简单的方法，我们获得了客观可靠的信号，并且该方法在样品加样和分析上都能自动进行，引物延伸后不需要纯化。DHPLC-引物延伸基因分型技术在分析过程中的任何环节都可以进行多重检测反应，再加上自动化特性，非常适用于基于SNP图谱的连锁研究。
单引物延伸和变性高效液相色谱技术便宜，准确和快速估计混合 DNA 样品中单核苷酸多态等位基因频率
Cheap,accurate and rapid allele frequency estimation of single nucleotide polymorphism by primer extension and DHPLC in DNA pools
Hum Genet(2000) 107:488-493
摘要： 目前，对于复杂疾病进行大规模单核苷酸多态（ SNP）基因分型的分子遗传途径所需的费用非常昂贵。我们研究了应用单引物延伸和变性高效液相色谱（DHPLC）技术估计混合DNA样品中单核苷酸多态等位基因频率的可行性。我们的结果显示该方法能精确估计混合DNA样品中等位基因的绝对频率，以及混合样品中各等位基因的频率差异。该技术因而提供了一种有效和便宜的方法进行大规模病例-对照样品和家系样品的SNP基因分型。
单引物延伸和变性高效液相色谱技术确定混合 DNA 样品中单核苷酸多态等位基因频率
Determination of SNP allele frequencies in pooled DNAs by primer extension genotyping and denaturing high-performance liquid chromatography
J.Biochem.Biophys.Methode 47(2001)101-110
摘要： 进行病例 -对照的队列样本研究时，如果将样品混合在一起，而不是单个进行分析，对于每个分析靶点的分析数目可以下降到2次，一次是病人混合样本混合，一次是对照混合样本。这样进行分析的一个前提条件是每个混合样本的基因频率代表真实群体的基因频率，而不受实验误差的影响，因此，实验误差必需严格确定。为此目的，我们将不同大小的DNA片段 (49–402个体) 按精确的比例混合，通过单引物延伸和 DHPLC分析估计样品群体中2个等位基因的频率，并与单个样品中基因频率进行比较。我们的结果显示1）该方法重复性高，重复实验的标准差为±0.014；2）实验误差（如估计频率和真实频率的差异）为±0.013（95% C.I.:0.0098–0.0165），误差的大小与混合样品的数量和SNP的类型无关，实验误差对队列相关实验结果的影响进行了评价。我们认为只要实验误差足够低，这种技术是进行高通量队列相关分析的有效方法。我们进而建议，在以混合样品进行大规模相关研究之前，通过确定至少一个位点的 估计频率和真实频率的差异，精确估计实验误差非常重要。 |